满清统治者兴兵入关统一全国后，为了笼络和网罗知识分子，顺治元年宣布沿袭明朝惯例，按期开科取士。顺治二年在北方数省举行乡试，录取了清朝首批举人；顺治三年在北京举行会试，录取了开国的首批进士；四年又加行会试，多取江南文士。顺治一朝18年，共开8科，录取进士2591人，几乎连年考试，而令顺治帝头痛的大大小小的科举考场案，也接二连三地发生了。大名士吴梅村的年谱里就有这样的记载：“壬辰（顺治九年，即1652年）权贵与考官有隙，因事中之，于是科场之议起。”这还算小事一桩，闹得最厉害的，是顺治十四年的丁酉（即1657年）科场案。此案因考官纳贿而起，株连人数之多，对全国震动之巨，在清朝200多年的历史中，实属罕见。
明朝对于科场案件，一般处理较轻。处理最重的要算嘉靖朝的“翟汝孝兄弟关节案”，也不过是考官杖责、贬官，应试者废黜。而清初顺治十四年丁酉科场案的处理，皇帝却是大开杀戒，不但受贿的考官和行贿的考生立即处死，还株连亲属，父母妻子全遭流放，惩处异常严厉，酿成了有科举以来空前的大惨案！
首先案发的是北闱（即顺天府）科场案。顺天乡试行贿作弊，在明末久已成风，入清后更为公开。因为主考官李振邺、张我朴等公开接受给事中陆贻吉、博士蔡元义、进士项绍芳的请托和贿赂，京官三品以上的子弟没有一个不录取的，但也有人花了银子没有考上。于是榜发后，议论纷纷，更有人告状喊冤。十月十六日，给事中任克溥上疏揭发。经调查属实，顺治帝大怒，于十月二十七日下旨：“李振邺、张我朴、蔡元义、陆贻吉、项绍芳，举人田耜、邬作霖俱著立斩，家产籍没，父母兄弟妻子俱徙尚阳堡。”结果涉案人员7个掉了脑袋，并抄家，父母、妻、子、兄弟也遭流放。十一月十一日顺治又谕令礼部：“今年顺天乡试，发榜之后，物议沸腾，同考官李振邺等，中试举人田耜等，贿赂关节，已经审实正法。其余中试各卷，岂皆文理平通，尽无情弊？尔部即将顺天乡试中试举人，速传来京，候朕亲行复试，不许迟延规避。”复试时间和考题，全部由顺治皇帝钦定，皇帝要亲自主持乡试，真是旷古奇闻！次年正月十七日，在瀛台复试正式开始。
新举人们被押送着进入考场，每一名举人都由两名武士持刀挟护，由顺治皇帝亲试。二十五日考试揭晓，革去苏洪濬等8人的举人资格，米汉雯等182名仍准许会试。四月二十三日，顺治皇帝在太和门亲审其余各要犯，把应处死的25人痛加申斥之后，“俱从宽免死，各责四十大板，流徙尚阳堡”。这算法外开恩了。顺治帝还放出狠话：“自今以后，凡考官士子，须当恪遵功令，痛改积习，持廉秉公……如再有犯此等情罪者，必不姑宥。”就是说：从今以后，考官考生们都给我规规矩矩的，再有类似事件，看我怎么收拾你！
“摁倒葫芦瓢又起”，刚过半年，江南乡试又出了乱子。顺治十四年十一月二十四日，有给事中阴应节参奏说：“江南主考官方猷等弊窦多端，……物议沸腾。”因为顺治帝处置“北闱”乡试科场案的怒气未消，现在又听到这个消息，更是火上浇油，怒不可遏。立即传旨：“方猷等经朕面谕，尚敢如此，殊属可恶。方猷、钱开宗并同考试官，俱着革职。”并下令绑了主持“南闱”的全部考官入京。
这次丁酉科江南乡试，正考官为翰林院侍讲严州人方猷，副考官为翰林院检讨杭州钱开宗。放榜以后，取中举人120名，虽得中的多是江南名士，但取中的举人里，不少是贿赂考官而取得的。所以两江的议论哗然，以致造成“群体事件”。发榜时，就有些落第考生拦住考官怒骂。两主考在考试结束回乡之时，船过常州、苏州，又有大批士子追着船大骂，甚至向船上投掷砖瓦。落榜的士子们怒不可遏，群集在贡院门前，有人还在门上贴了“大字报”：“孔方主试合钱神（暗指考官方猷和钱开宗），题目先分富与贫（科题取《论语》中‘贫而无谄’一词），金陵自古称金穴，白下於今中白丁。”内有一人将门上“贡院”两个大字的“贡”字中间加了一个“四”字，改成了“賣”（卖字的繁体）；“院”字用纸贴去“阝”变成“完”字，“贡院”变成了“賣完”（卖完）。讽刺堂堂选取人才的贡院，竟成金钱交易的污秽之所。这时江宁书坊店里还刻了一部传奇，叫《万金记》，以方字去一点为万，钱字去一旁为金，影射方、钱二主考，极尽“万”、“金”二主考暗通关节、受贿赂的种种舞弊丑态。著名戏曲家尤侗又作了一部传奇名《钧天乐》，也是说考试行贿买通关节之事。《钧天乐》这本书一直流传到京都，而且闹得满城风雨，令顺治帝大为光火。
顺治十五年二月庚戌，顺治帝在中南海瀛台，又亲试该科江南考中的正副榜举子。和上次亲试的情景差不多，每个举人都身带刑具，由护军营的军校持刀监视，戒备森严，如临大敌，不像考场，倒像刑场！皇帝以春雨诗五十韵命题，结果，只有吴珂鸣三试皆优，文列第一，当了解元，准许参加当年殿试。余者，74人准许参加下科会试，24人罚停会试，24文理不通，革去举人。此案的审理一直延续到十一月
十一月二十八日最后结案，顺治帝在刑部奏折上谕批：方猷、钱开宗俱著即正法，妻子家产籍没入官。其余叶楚槐等“南闱”全部考官18人（其中1人已经病死）立即处以绞刑（绞刑得全尸，与斩刑不同），妻子家产籍没入官。8名被控告有“关节”的新举人，各责打40大板，家产籍没入官，父母、妻、子流放宁古塔（今黑龙江宁安县，是清朝前期重犯流放地）。
值得一提的是，在这场科举大案中，还有一个插曲，就是出现了一位“张铁生式”的人物——吴兆骞交了白卷。吴兆骞大名鼎鼎，号汉槎，江苏吴江人，乃江南名士。平常，大家都认为他的文章“惊才绝艳”，而这次皇帝亲试，他却交了一张白卷。于是舆论大哗，有人说他是惊魂未定，吓得提笔忘字了；也有人说他是恃才傲物，故意卖弄。其实是吴兆骞看到当时考场如同刑场的景象，感慨万端，把笔一扔，说：“焉有吴兆骞而以一举人行贿的吗？”语气和态度真是清高的很。这就触怒了顺治皇帝，也把他发配到宁古塔充军，你不是看不起举人嘛，那也请你到北疆凉快凉快吧！据说，吴兆骞临行时，京中好友顾贞观、徐乾学、吴梅村等人都来为他送行。吴梅村还作了一首长诗《悲歌赠吴季子》送他上路。然而这一去就是20多年，其间吴兆骞诗兴大发，写了许多悲愤慷慨的诗歌和感人泪下的书信，后来编成了《归来草堂尺牍》和《秋笳集》，流行于士林。
为防止考生作弊和官方腐败，保证科考的公平与公正，清政府对考生作弊处罚很严厉。一旦发现，按照《大清律例》，作弊者要被枷号（在街头带枷示众）三个月，然后发烟瘴（边疆）地区充军。而顺治帝对“南北闱”案的严酷处理，显然含有严厉警告汉族士人尤其是江南士子的用意，由此开了清代严惩科考作弊的先例，受贿考官处死，竟成为法律。顺治帝对科场案的严酷处理，使人想到当下日益升温的国家公务员考试，想到考场作弊之风的愈演愈烈。但对它的处罚无非是“考试成绩无效、取消录用、五年内不得报考公务员”，再重的不过“终身不得报考公务员”而已，他们和大清朝的莘莘学子们相比真算幸运之至了。